Az elhalt vagy gyökérkezelt fogak gyökércsúcsán ciszta vagy granuloma alakulhat ki. Bármelyik elváltozásról is van szó, kezelése során általában gyökércsúcs resectiot alkalmazunk, ami azt jelenti, hogy szájsebészeti módszerrel kitisztítjuk a cisztát, vagy a granulomát, és eltávolítjuk a gyökércsúcsot, amiből a folyamat kiindult.
A beavatkozást helyi érzéstelenítésben végezzük. Első lépésként egy metszést kell ejteni az ínyen, majd speciális fúróval, steril körülmények között eltávolítjuk a cisztát vagy granulomát és a gyökércsúcsot. Ezután a sebet pár öltéssel összevarrjuk. Vésést soha nem alkalmazunk. A varratokat egy hét elteltével lehet eltávolítani, az íny sebe ez alatt begyógyul. A beavatkozás a szájsebészeti műtétek közül talán a legkisebb, nem túl megterhelő, egyszerű estben kb. 20 percig tart. A beavatkozást követően a panaszok a seb megfelelő kezelésével csökkenthetők.
A kitisztított terület visszacsontosodása a műtétet követően ideális esetben azonnal megkezdődik, azonban még hónapokon keresztül tart. Ezért kontroll röntgent csak legkorábban fél év elteltével érdemes készíteni, ekkor már látható, hogy a gyógyulási folyamat rendben zajlik-e. Ha a ciszta vagy granuloma kiújul, akkor vagy újra panaszossá válik a kezelt fog, vagy a kontroll röntgenfelvételen újra látható a gyökércsúcs körüli elváltozás. Ilyen esetekben a fog kezelésére vagy újabb resectio és retrográd gyökértömés jön szóba, vagy a fog eltávolítása, aminek hatására a krónikus gyulladás magától megszűnik. Resectio előtt, amennyiben lehetséges, új, tiszta gyökértömést készítünk, hogy ezzel is javítsuk a gyógyulás lehetőségét. Ha a fogba korábban csapot ragasztottak, vagy gyökértömésre cementet alkalmaztak, akkor a régi gyökértömés cseréje nem lehetséges, ilyenkor a resectio hosszútávú gyógyulási esélyei is rosszabbak. A resectio kapcsán szem előtt kell tartani, hogy ez a beavatkozás a fog megmentésére irányuló utolsó utáni lehetőség, ha nem jár sikerrel, akkor a fogat sajnos el kell távolítani. A sikertelenség sajnos a leggondosabb műtéti ellátás során is előfordulhat, aminek az oka az, hogy a gyökércsatornában a legtisztább gyökértömés után is marad kevés baktérium. Ha ezekkel a szervezet immunrendszere lokálisan, bent a csont mélyén nem tud megbirkózni, akkor ciszta vagy granuloma alakulhat ki újra.